الجهاز المناعي: الزعتر مفيد جدا في تدعيم الجهاز المناعي للإنسا و هو يحتوي على مواد مقوية للعضلات و خاصة عضلة القلب و مانعة لتصلب الشرايين و الإلتهابات و مانعة للمغص الكلوي و يحتوي على مواد مسكنة للألم و منشطة للدورة الدموية و مقاومة للوهن العام
الجهاز التنفسي: اشتهر الزعتر منذ القديم بفعاليته في شفاء الأمراض المتعلقة بالجهاز التنفسي مثل السعال الديكي و الربو و هو من ملينات الشعب التي تسهل طرد المخاط و البلغم خارج الجسم و مفيد في معالجة التهابات الأنف و الحنجرة و تخفيف حدة السعال و التهاب القصبات الهوائية. و يتم ذلك بشرب مغلى الأوراق مع الماء و شربه مثل الشاي بعد تحليته بالقليل من العسل .
لفتح الشهية : هو من الأعشاب العطرية ذات الطعم المتميز و التي أثبت الأبحاث أنها تزيد في الشهية للأكل و هي إضافة إلى ذلك تنبه المعدة و تعمل على طرد الغازات و منع التخمرات المؤدية إلى عسر الهضم إضافة إلى ذلك فهو يعتبر ملطفا للأغذية و حافظا لها و بصفة خاصة اللحوم إذا ما مزج بالقليل من الخل و ممتصا للدهون إضافة إلى كونه طاردا للديان المعوية إلا أن الاستهلاك المفرط يمكن أن يتسبب في الإمساك لذلك يفضل استهلاكه مع زيت الزيتون
الإستعمال الخارجي: الزعتر من المواد المطهرة بامتياز و يستعمل كغسول للفم و مزيل للاحتقان كما أنه زيته مفيد لمرض الروماتيزم و يكون استعماله كالآتي: توضع 10 قطرات من زيت الزعتر في الماء الدافئ و يستحم به كعلاج ممتاز لمرضى الروماتيزم بالإضافة إلى كونه مزيلا للتعب و محفزا للدورة الدموية و نافعا للغاية في تخفيف الإضطرابات العصبية
تحذير: لا يوصى باستعمال الزعتر للأطفال دون سن الثانية كما يجب استعماله بحذر عند الحوامل و الأشخاص المصابين بأمراض حساسة في الكبد و خاصة الزيت العطري للزعتر فالاستعمال المفرط يمكن أن يتسبب في الصداع و الغثيان و القيء كما أن المصابين بأمراض الغدة الدرقية يجب عليهم استشارة الطبيب قبل تناول الزعتر